张苍水在南京上游安徽等地进展十分顺利，沿途连连收复郡县，百姓持肉挂酒迎接明军。郑成功战败撤退，致使张苍水孤军无援，清军又集中围攻张苍水部队，所收复各城，又被清军夺去。最后全军溃败，张苍水带两个随从，沿崎岖小路，奔走两千余里，经过千辛万苦，在各地义士帮助下潜行返回浙东。张苍水回到浙东沿海，一些旧部下渐渐归集。郑成功听说张苍水脱险归来，十分高兴。也派兵来助，张苍水的声势又振作起来，守舟山的水师都督罗蕴章侄子罗子木也速投奔张苍水部下参军。
据杨英《从征实录》记载，1660年正月廿六，郑成功抽调守舟山的左冲镇黄安，去另守新城，右武卫周全斌向郑成功建议，原文如下：“奉令屯扎舟山各处，皆离乡有日，在外风霜，各有归思……藩批：晓得，已先吊回。”
四月初九郑成功收到防守舟山地方水师前镇阮美报：定关狡虏（镇海清军），果以大师班回，遂图窥犯，不出藩主所料。
顺治十八年（1661年），清廷听从郑军叛将黄梧的“平海五策”，颁行“迁界令”，强令山东、江苏、浙江、福建、广东沿海百姓内迁30里，断绝百姓暗中接济支援郑军。在福建、广东清朝各级官吏中，有许多原是郑成功的密探，黄梧将他们查出，全部处死，使郑军情报失灵。又没收郑氏在京城、苏杭、山东等地经营的财货。致使郑氏财路被断，仅靠厦门、金门、铜山、南澳、舟山几个海岛出产，无法维持庞大的军费。这时永历帝和李定国在云贵地区节节败退。郑成功决定要东征收复台湾。
郑成功宣布要收复台湾，有些将士不愿意东征渡海收复台湾，有些还叛逃。据杨英《从征实录》记载：“三月初十，藩驾驻料罗、候顺风开驾。时官兵以过洋为难，思逃者多，随委英兵镇陈瑞搜获捉解。”
而马信、罗蕴章等原驻舟山将士，都坚决支持郑成功收复台湾，他们积极准备粮草。在后来收复台湾战斗中，都留下了他们英雄事迹。
1661年三月廿三，郑成功命世子郑经留守厦门，洪旭、郑泰、陈永华等人辅佐。郑成功率领马信、周全斌、罗蕴章等25000人，战船200多艘，从金门出发，经澎湖，在何廷斌指行下，通过台湾鹿耳门。四月初二在台南禾寮港登陆。台湾同胞驾着牛车迅速接应郑军登岸。
荷兰总督看到郑军突然兵临城下，十分惊慌，下令开炮。但郑军船队预先周密安排，都躲开荷兰军炮火网。荷兰军眼睁睁看着郑军登岸。
郑军又打退前来进攻的荷兰陆军，并控制了岛上局势。郑成功派马信围攻热兰遮堡台湾城。并屯兵开垦荒地，作长远打算。杨英《从征实录》记载：“四月廿四，藩以台湾孤城无援，攻打未免杀伤，围困待其自降，随将各镇分派汛地屯垦。派提督马信辖兵札台湾街守困之。”台湾街是指热兰遮城堡外的华人市街。
五月初二，曾守舟山左冲镇黄安和其他将领带第二程郑军，到达台湾支援。
罗蕴章也带领由舟山渔民等组成的水师，共同反击荷兰援军的反攻。《从征实录》内记载：“甲板舟来犯，被藩令宣毅前镇陈泽并戎镇左右协、水师陈继美、朱尧、罗蕴章等击败之，夺获甲板舟二只，小艇三只。宣毅前镇副将林进绅战死，自是甲板舟不敢犯。”
康熙元年十二月十三（1662年2月1日），荷兰总督揆一投降。台湾沦陷于荷兰殖民统治三十八年（1624—1662）后，终于被郑成功光复。郑成功在台湾设一府二县，改普罗文查城堡为承天府，下设天兴、万年二县。郑成功在当地发展农业生产的同时，又利用台湾有利条件，大力发展同日本、东南亚各国的海外贸易，促进台湾社会经济发展。
